L’Enseignement catholique répond aux principes de subsidiarité. Chaque établissement, sous statut associatif à but non lucratif (école, collège, lycée) s’organise de manière autonome sous la responsabilité de son chef d’établissement accompagné du président de l’organisme de gestion (OGEC). Calqué sur les limites du département (excepté pour le Rhône), le diocèse constitue le périmètre premier de l’Enseignement catholique. Au service de tous les établissements catholiques d’enseignement implantés dans le diocèse, le Comité diocésain de l’Enseignement catholique (CODIEC), présidé par l’évêque et animé par le directeur diocésain, détermine la politique éducative diocésaine de l’Enseignement catholique. Les douze diocèses de la région Auvergne-Rhône-Alpes sont représentés par 10 directeurs diocésains, dont deux ont des responsabilités interdiocésaines (Haute-Loire/ Cantal et Puy de Dôme/ Allier). À l’échelle académique, le CAEC coordonne les stratégies interdiocésaines et gère notamment les évolutions de la carte des formations et le suivi des ressources mises à disposition. Trois CAEC sont présents dans la région et installés au contact directs et permanents des rectorats de Lyon, Grenoble et Clermont–Ferrand). Le CREC est le référent de l’Enseignement catholique au niveau régional. Il représente plus de 1000 établissements dont 167 lycées d’enseignement général, technologique et professionnel auxquels sont associés 29 lycées agricoles.